Studierte in Kiel von 1983-89 an der Christian-Albrechts Universität und nachfolgend der Pennsylvania State University/USA Politische Wissenschaft, Slawistik und Internationales Recht. 1993 promovierte sie mit Hilfe eines Stipendiums der Harvard University, der Friedrich Naumann Stiftung und der Fulbright Kommission an der Christian-Albrechts-Universität in Kiel. Als erste weibliche Dozentin an der Führungsakademie der Bundeswehr in Hamburg, übernahm sie den Lehrstuhl für Russland- und Osteuropastudien. Nach verschiedenen Gastdozenturen in den USA, der Russischen Föderation, der Ukraine und Tschechischen Republik wechselte Stefanie Babst 1998 in den Internationalen Stab der NATO, wo sie zunächst als German Information Officer und Referatsleiterin arbeitet, bevor sie im Mai 2006 von NATO-Generalsekretär Jaap de Hoop Scheffer zur Stellvertretenden Beigeordneten Generalsekretärin für Public Diplomacy der NATO ernannt wurde. Damit wurde sie zur höchstrangigsten deutschen Frau im Internationalen Stab der NATO und prägte die Öffentlichkeits- und Medienpolitik der Allianz sehr nachhaltig. Unter NATO-Generalsekretär Anders Fogh Rasmussen baute Stefanie Babst, einen Krisenvorausschau- und strategischen Planungsstab für die NATO auf, den sie bis Januar 2020 auch leitete. Seit März 2020 arbeitet sie als strategische Beraterin und Publizistin und unterstützt mehrere multilaterale Projekte. Darüber hinaus ist sie Mitgründerin von Brooch Associates, einer von fünf renomierten Powerfrauen geleiteten strategischen Beratungsfirma mit Sitz in London.